できあがったものを常温に置き続けると、発酵はそのまま進みます。冷蔵庫へ移す目的は、発酵を止めることではなく、進む速さを落として好みの状態を長く保つことです。白菜キムチを4℃と15℃で比べた実験では、15℃の側が3日でpH4.0〜4.5の適正な範囲に入り、4℃で長く置いた側は過発酵の段階で乳酸菌数と総ポリフェノール量が下がりました（Kimら、2025年）。低い温度でも発酵は続くので、冷蔵は食べ切るまでの時間を伸ばす手にすぎません。国内では、保存性の乏しい漬物を製造後すみやかに10℃以下で保存するよう置かれています（厚生労働省の漬物の衛生規範。製造施設向けの指針で、家庭の数字ではありません）。

保存へ切り替える合図は、気泡が止まることです。発酵中はガスを逃がすためにさらし・ふきんやゆるいふたで覆いますが、発酵が終わったらふたを締めて冷蔵庫へ移します。完全に発酵したザワークラウト（乳酸キャベツ）は、しっかりふたをして冷蔵で数か月もちます（米国の家庭食品保存センター）。発酵ピクルスは元の容器のまま冷蔵で約4〜6か月とされ、浮いたスカムやカビは置いている間も定期的に取り除きます（ペンシルベニア州立大学の普及機関）。移す前に、瓶の縁と内側を清潔な紙で漬け汁の高さまで拭き取ります。金属のふたは汁が付くと錆びるので、プラスチックのふたに替えます（米国のホームステッドのチャンネル Whole-Fed Homestead）。

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保存中も、材料は漬け汁の下に沈めておきます（イリノイ大学の普及機関）。汁が足りないときの足し方は、資料によって違います。煮沸して冷ました塩水（水1クォート＝約0.95Lに塩大さじ1と1/2）を足す手順が、米国の家庭食品保存センターとペンシルベニア州立大学の資料に載っています。一方、同じホームステッドのチャンネルは、塩水を足すと色が茶色くなるとして、発酵の初めにあふれた自家の漬け汁を取っておいて使っています。経験からの話で、測った裏づけはありません。冷蔵庫へ移した直後の数日は液面が下がりやすいので、入れてすぐに一度確かめます。取り出すときは、清潔な箸やスプーンを使います。使いかけの箸を容器に戻さないでください。容器の縁や押し蓋は、食品用アルコールスプレーで拭いてから戻します。

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食べ切る目安は、仕込んだものによって大きく違います。キムチは冷蔵して1週間以内に食べるのが最良とされ、発酵が長くなるほど品質が落ちます（オレゴン州立大学の普及機関）。冷凍も使えて、瓶の上に1/2インチ（約13mm）の空きを残し、1日に凍らせる量は冷凍庫1立方フィートあたり約0.9kgまでにします（ペンシルベニア州立大学の普及機関）。常温のままで何か月も置く方法は、長期保存とは別です。冷蔵しない場合はきゅうりが約2か月、にんじんやビーツが6〜7か月もち、きゅうりは2か月を過ぎたら冷蔵へ移すという話が、米国のホームステッドのチャンネル（Country Living Experience）にあります。経験からの目安で、測った数字ではありません。

冷蔵しても発酵は続くため、容器がふくらむ・ガスが出る・漬物がシュワシュワする・発泡する・吹きこぼれる・あふれるは保存中にも起きます。ときどきふたを開けてガスを抜き、容器は皿やバットの上に置きます。ふたを固く締め切ると、ガスの逃げ場がなくなって瓶が危険な状態になります（Country Living Experience）。酸味が強くなりすぎたものは、酸っぱくなりすぎたのとおり捨てる話ではなく、鍋や炒め物へ回せます。味噌では表面にたまり（味噌の上に出る液）が出ますが、取り分ければ調味料になります。表面のスカムやカビは、保存中も見つけたその場で取り除きます（ペンシルベニア州立大学の普及機関）。白い膜（産膜酵母）とカビの見分けは毛羽立ちで、細い毛が生えていればカビです（Country Living Experience）。ぬめりが出たものと、腐った匂いのするものは廃棄します。迷ったら捨てる、が保存の最後の一線です（イリノイ大学の普及機関）。