発酵は、同じ材料でも、塩・温度・時間の条件しだいで働く菌が入れ替わる現象です。麹菌（コウジカビ）は、何世紀も複数の国で発酵食品に使われてきた菌で、酵素を分泌する力が高く、二次代謝物も豊富に作ることから、食品だけでなく医薬・工業分野の生物工学の道具としても使われています（Dabaらのレビュー、2021年）。麹菌が材料のデンプンやタンパク質を分解したあとを、ほかの菌が引き継ぐのが、味噌や甘酒の発酵の土台になります。

塩分は、材料側の条件を決める最初の一手です。発酵ザワークラウトやピクルスでは、塩が風味だけでなく安全性と食感にも不可欠なので、レシピの塩の量を減らさずに仕込みます（米国の大学拡張機関・NCHFP）。野菜11種を塩分の違いで発酵させた実験では、塩を減らすと乳酸菌の立ち上がりが遅れ、代わりにワイセラ属や腸内細菌目の菌が増えました（ベルギー・アントワープ大学のチーム）。二酸化炭素を加えると、この影響は和らぎました。

温度は、同じ材料でも働く菌の顔ぶれと進む速さを変えます。キムチを4℃と10〜15℃で比べると、10〜15℃のほうが乳酸菌の多様性が増え、Lactiplantibacillus plantarumとLatilactobacillus sakeiが増えてLactococcus lactisが減りました（韓国・世界キムチ研究所のチーム）。時間も温度と連動し、NCHFPのザワークラウトの資料では、21〜24℃で約3〜4週、16〜18℃で5〜6週かかり、16℃未満では発酵が進まないことがあるとされます。

材料の相棒は乳酸菌だけではありません。酵母は、サワードウでは乳酸菌と共存する微生物の生態系をつくり、使う穀粉そのものが土着の乳酸菌の主な供給源になります（ベルギーの大学のレビュー）。酢酸菌は好気性で、エタノールや糖を完全には酸化せず酢酸やグルコン酸、細菌セルロースを作る菌で、食酢だけでなくカカオやコーヒー、コンブチャの発酵にも関わっています（Głodo・Śliżewskaのレビュー、2026年）。

仕上がりの進み具合は、数字でも確かめられます。韓国のチームが天然色素の指示薬を作った論文では、キムチは新鮮な状態でpH（酸性度）が5.6、酸度が0.45%、最もおいしい発酵の盛りでpHが4.7、酸度が0.72%、過発酵でpHが3.8、酸度が1.38%と、pHが下がり酸度が上がることが目安でした。漬物の安全性も、酸度で決まります（NCHFP）。

最後の一手は重石と、空気の遮断です。野菜を漬け汁の1〜2インチ下に沈め続けないと、空気に触れた部分からカビが増えるので、食品用のプラスチックやガラスの容器を使い、ふさわしい重石で水面より下に押さえ続けます（NCHFP）。

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