毎日の世話は、えさ・見回り・測るの3つです。先に測り、次に見回り、最後にえさを入れます。その日にえさを入れてよいかを、水温と数字で決めるためです。FAOの資料は、1日の作業として、水と空気のポンプが動いているかと吸い込み口の詰まり、水の流れと漏れ、蒸発したぶんの足し水、水温、1日2〜3回のえさやりと食べ残しの回収、えさのたびの魚の観察、死んだ魚と傷んだ株の除去を挙げています。アクアポニックスの栽培者Rob Bob's Aquaponics & Backyard Farmは、えさを入れて食べ切るのを見届けるだけなら1日3〜4分で、ほかの手入れをしながら済ませていると話し、蒸発したぶんの足し水には塩素を抜いておいた水を使っています。

pHと水温は毎日、アンモニア・亜硝酸・硝酸は週に一度、えさを入れる前に測ります。ニューメキシコ州立大学のSallenaveの資料は、硝化が進むとpHは毎日下がるので毎日測るよう勧め、数日測らずにいるとpHが4.5まで落ち、総アンモニア態窒素が30 ppmを超えることがあると書いています。FAOの資料はpHを6〜7に保ち、6.0に近づいたら塩基を足すとしています。塩基は数日に分けて少しずつ足します。一度に入れると、たまっていたアンモニアの多くが毒性の高い非イオン性に変わるからです（Sallenaveの資料）。溶存酸素（DO）は温水の魚で5 ppm以上、冷水の魚で6.5 ppmが目安で、読んだ値は全部書き留めます。硝酸が150 mg/Lを超えたら水を入れ替えます（FAOの資料）。

えさの量は、魚の体重から決め、水温と食べ残しで加減します。FAOの資料は、育てている途中の魚に1日あたり体重の1〜2%、入れてから2〜3か月の魚には約3%を目安とし、朝と午後に分けて水面全体にまくこと、30分たっても残っているぶんは取り除くことを挙げています。残らなければ増やし、多く残れば減らします。食欲が落ちることは大きな警告で、多くは水の状態が原因だとしています（えさを残すようになった）。寒い時期は減らすか止めます。Rob Bob's Aquaponics & Backyard Farmは、自分の系の魚は18℃がえさを代謝できる下限なので、えさを入れる前に水温を読むと話しています。

魚は、えさの前と後に見ます。FAOの資料は、健康な魚の姿として、ひれを広げて尾がまっすぐで泳ぎがなめらかなこと、食欲があって人を避けないこと、体に斑点や筋が無いこと、水槽の壁に体をこすりつけないこと、目が澄んでいることを挙げ、ナマズの仲間はえさの時間まで底で休むことが多いと添えています。裏返せば、水面で口をぱくぱくさせる・えらの動きが速い・体を底や配管にこすりつける・底でじっと動かないのは、その日のうちに測る合図です。死んだ魚はすぐ取り除きます。朝に一晩で何匹も死んでいた状態で見つかったら、前の晩の酸素と数字をさかのぼって読みます。

株と床は、えさを入れたあとに一回りします。Rob Bob's Aquaponics & Backyard Farmは、葉に穴を見つけたら葉脈のそばに隠れている幼虫を探すこと、傷んで枯れかけた葉は取ること、培地の表面は湿っていてカビやナメクジの隠れ場になることを挙げています。同じ栽培者は、ベルサイフォンの立ち上がり管に根が伸びると排水が止まって床があふれるので、長く置く株のある床は数週に一度のぞくと話しています。葉の色は週に一度まとめて見ます。新芽だけが黄色く、葉脈が緑に残る・内側の若い葉の先が茶色く枯れる・古い葉の縁から枯れ込むの3つでは、足りないものが違います。根が茶色くぬめるのは、根のまわりの酸素と固形物の話です。

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装置は、止まっていないかだけを毎日見ます。Principia Collegeの解説は、ポンプが止まれば水の流れも止まるので替えのポンプを手元に置いてすぐ替えること、ポンプまでの配管は外して洗える形に組むこと、泡が出ているかを見ればエアストーンの不調が分かることを挙げています。詰まった排水は、片方の槽を止めて水位を上げ、15分ほどで戻して流し抜く、と同じ解説が示しています。やりがちな失敗は、平日に測らず週末にまとめることです。pHは毎日動くので、下がり切ってから気づくことになります。

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