最初の苗は、育ちが速く養分の要求が低い作物から選びます。立ち上げたばかりの水は硝酸が薄く、養分を多く欲しがる作物を入れても間に合いません。新しい系は丈夫で育ちの速い葉物から始め、実のなる作物は2〜3か月たってから入れます（FAO のアクアポニックスの資料）。最初の床に向くのは、リーフレタス・小松菜・サンチュ・葉ネギのような葉物と、バジル・イタリアンパセリのようなハーブです。苗を入れてよい目安は、水から硝酸が検出されたときです（同じ資料）。アンモニアと亜硝酸が消えて硝酸だけが残る状態は、フィッシュレスサイクリングを終えた合図でもあります。

苗は、床へ移す前に別の場所で育てます。育苗の培地には、水を抱える力が強いロックウール、崩れやすい代わりに安いオアシスの発泡材、さらに安く量を使える培養土があります（New Agrarian の解説）。培養土は粒が崩れて配管に入り込むため、薄い水を流すNFT（薄膜水耕）には向かず、水の深いDWC（浮き床の水耕）に限られます（同じ解説）。育苗に魚の水を使うと、窒素が多いぶん茎と葉は伸びる一方で根が育ちません（同じ解説）。培養土では、2〜4週のあいだにリンを含む肥料を与えると、根が培土を抱き込んで塊のまま抜けます（同じ解説）。移すときにいちばん効くのは根の育ちです。多くの種は、夜の気温がおよそ18℃、昼がおよそ24℃を上回ると発芽します（オーバーン大学の普及資料）。ロックウールやオアシスの培地そのものには養分が無いので、本葉が出たところから肥料を与えます（同じ普及資料）。

水耕栽培パイプ

Amazon楽天

水耕栽培パネル

Amazon楽天

種は湿らせた培地の上に置き、芽が立ち上がるまでは覆いをして暗く保ちます（JimmyB Harvests の記録）。暗いまま伸ばすと茎が細長くなって倒れやすいので、芽が開いたら光に当てます（同じ記録）。根のまわりに見える白い毛は、かびではなく根毛です（同じ記録）。移す時期は、根と茎の形で決めます。レタスの苗は本葉が2〜3枚そろう、まいてから2週ほどが目安です（オーバーン大学の普及資料）。実のなる作物の苗では、節が詰まって茎が太いものが良い苗で、どの苗も根鉢が崩れずに抜ける状態を目安にします（同じ普及資料）。育ちすぎた苗は、角の培地をシートから外すときに根が折れるので使いません（同じ普及資料）。

床への植え付けは、根を水に届かせ、葉と茎を水面より上に置く形にします。培地を敷いたメディアベッドでは、粒をかき分けて根を水に差し入れ、粒を戻して株を支えます（趣味のDIY作家 やまの記録）。買ってきた苗は、土と肥料が根に残ったまま入れると魚に影響が出るため、水で洗い落としてから植えます（やまと黒めだかチャンネルの記録）。根鉢がほぐれにくい苗や、茎から細い根が出ている苗は、水をかけながらゆるめます。細い根を1本切ると、つながった根がまとめて傷みます（やまの記録）。土の床で育った苗をそのまま移すことは勧められていません（FAO の資料）。植える時刻は夕方が良く、若い苗は夜のあいだに新しい水へ慣れます（同じ資料）。

トロ舟

Amazon楽天

やりがちな失敗は、床を一度に全部埋めることです。収穫が一度に来ないよう、植える時期をずらします（FAO の資料）。株間は、土の畑より少し詰めても植えられます（同じ資料）。ただし詰めすぎた株は養分の不足を起こし、少なすぎる株では水をきれいにする働きが足りません（同じ資料）。餌を控える冬は水の養分が減り、植えた株は育たないまま止まります（やまの記録）。