装置を組む順番は、水槽・床・ポンプ・空気の4つを一度に揃えることではなく、水が通る一本の道を先に決め、そこへ部品を足していくことです。アクアポニックス大学の自作動画は、水槽台を組んでから水槽と栽培槽を据え、ポンプの位置と水を戻す穴の位置を先に決める順で進めています。Rob Bob's Aquaponics & Backyard Farmは、どんな装置も魚槽・水を動かすポンプ・固形物を取る部品・生物ろ過（多くは栽培槽自体が兼ねる）の4つで成り立つと説明し、ポンプが魚槽の水を固形物ごと引き上げ、ろ過を経て栽培槽に入り、栽培槽から魚槽へ戻る一巡りが基本の形だと述べています。

栽培槽と水槽をつなぐ配管は、先に栽培槽とポンプの位置を決めてから長さを測って切ります。水槽や栽培槽の壁に穴を開けて管を通す所はバルクヘッド継手を使い、パッキンを内側と外側の両方に挟んで締めます。管そのものは塩ビ管と継手で、呼び径が違う管や規格の違う継手を混ぜると接合部が合わないので、同じ規格でそろえます。ポンプの排水口から栽培槽までは、エルボを2つ使うと直角に曲げられますが、途中の管が短すぎると接合がゆるんで水が漏れるため、迷うなら長めに切ります。水を動かす本体は水中ポンプで、水槽の底から浮かせ、吸い込み口が空気を吸わない位置に据えます。

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栽培槽から水槽へ水を戻す仕組みは、組む前に1つに決めておきます。ベルサイフォンは電気を使わず、水位が決めた高さに届くと自動で排水し、くり返しタイマーはポンプを時間で入り切りして同じ湛水と排水を作ります。どちらを使うかで栽培槽に開ける穴の径と位置が変わるため、あとから変えると開け直しになります。穴を開ける段では、水槽台の支柱の位置をあらかじめ避けておくことが要ります。支柱に重なる場所へ穴を開けると水漏れや槽の割れにつながり、ホールソーは勢いをつけずゆっくり回すと割れを防げます。

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魚が多い装置や栽培床が複数ある装置では、配管の途中に固形物を落とす沈殿槽と、硝化菌が住みつく生物ろ材を組み込みます。床が1つだけの小さな装置では、栽培槽の培地がこの両方を兼ねます。床を複数に分けるなら、分岐の先にボールバルブを付けて、床ごとの水量を調整できるようにしておきます。

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空気を送る経路は、水を回す配管とは別に組みます。エアポンプからエアストーンまでの通り道を作り、ポンプを水面より低い棚に置くなら、途中に逆流防止弁を入れて止まったときの水の逆流を防ぎます。停電に備え、乾電池式エアポンプを1台そばに置いておくと、気づいて手を打つまでの時間を作れます。

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組み終えたら、魚や苗を入れる前に水だけで試運転をします。アクアポニックス大学の動画では、洗った床材を栽培槽に入れたあと電源を入れる前に水を満たし、ポンプが水を持ち上げて栽培槽に送り、水位が排水の高さを越えて水槽へ戻るところまでを確かめています。この段で漏れが見つかれば、魚を入れる前に直せます。試運転を省いて先に魚を入れると、漏れや配管のゆるみは水を抜いてからでないと直せません。