最初の1槽を決めるときに固める決め事は、大きさ・置き場所・魚と作物の組み合わせです。装置は後から大きく変えにくいので、小さく始めて確かめながら広げる前提で決めます。

大きさは、魚の数より先に、育てる床が受け止められる量から決めます。アクアポニックスの栽培者Rob Bob's Aquaponics & Backyard Farmは、育てる床の培地が25Lあるごとに魚の重さ500g（約1ポンド）ぶんまで育てられるのが目安だと、自分の装置の経験から説明し、1000Lの水槽ならこの比率でおよそ40匹を飼える計算になるとも述べています。初めての装置では、メディアベッドなどに置ける培地の量を先に決め、そこから魚の数と作物の株数を割り出す順番が決めやすいです。Agriculture Academyも、経験が少ないうちは小さな装置で始め、慣れてから広げるよう勧めています。

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置き場所は、日当たり・電気と水の近さ・雨の3つを見ます。Rob Bob's Aquaponics & Backyard Farmは、季節で太陽の通り道が変わるため、北半球なら南向きに置くと冬も日照を取りやすいと説明し、ポンプを動かす電源と足し水できる水道の近くに据えること、雨の多い地域では雨水が流れ込んで養分が薄まるほどあふれないよう、水を受ける槽の容量に余裕を持たせることを挙げています。

魚と作物は、育てやすい水温の帯をそろえてから選びます。アカヒレやゼブラダニオ、ドジョウのように無加温でも飼える魚は、リーフレタスや葉ネギ、サンチュのような葉物と水温の帯が重なり、組みやすい相手です。どの魚も数匹の小さな個体では出る養分が少なく、育てられる株数は限られます。Rob Bob's Aquaponics & Backyard Farmは、稚魚30匹（1匹15g）では1m四方の葉物を支える餌の量にしかならないと自分の装置の例を挙げ、葉物は養分の要求が少ない作物だと説明しています。

最初から床を全部植えるのは、やりがちな失敗です。立ち上げの途中は硝酸がまだ少ないため、Rob Bob's Aquaponics & Backyard Farmは数株だけ植えて様子を見て、餌の量が増えて硝酸も増えるのに合わせて株を増やす順番を勧めています。気候に合わない魚を選ぶと水温を保つ加温や冷却の手間が増えるので、Agriculture Academyは魚と植物を気候に合わせて選ぶことも挙げています。