卓上の装置は、水槽の上や中に浅い栽培の床を置いた小さな構成です（Palmら）。水は重力で魚槽から沈殿槽へ、栽培槽を通って溜め枡へ落ち、ポンプかエアリフトで魚槽へ戻ります（同じ章）。床の培地が微生物のろ過を兼ねるのが趣味の系の作りで、砂や細かい砂利、パーライトが使われます（同じ章）。ただし、ろ過を調節する仕組みが無い構成は短い期間しか回せないとも書かれています。先に決めるのは目的です。趣味の系は食べ物の生産を狙わず、つながった系の働きを見るために置かれると、同じ章は整理しています。

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次に水量と魚の重さを決めます。飼育密度の上限は水1000Lに魚20kgで、表の目安は10〜20kgです（FAO）。同じ比で換算すると、水20Lの卓上で飼えるのは魚200〜400gまでです。栽培の面積は魚槽の水面より広く要り、UVIの系に基づく比として少なくとも7対3が挙げられています（Palmら）。床を小さく作れば、その比に収まる魚の量はさらに小さくなります。密度を上げて系の酸素が下がるほど、えさ1kgあたりで植物が使える硝酸は減るとも書かれています（同じ章）。

水量が減っても、保つべき数字は変わりません。総アンモニア態窒素（TAN）は1 ppm未満が目安で、亜硝酸はティラピアで1 ppm以下、5 ppmで魚に毒になります（ニューメキシコ州立大学）。溶存酸素（DO）は5 ppm以上で、温水の魚が約5 ppm、冷水の魚が6.5 ppmです（同じ資料）。pHは硝化で毎日下がるので毎日読みます（同じ資料）。亜硝酸か総アンモニア態窒素が1 ppmを超えた日は、水槽の3分の1までを塩素を抜いた水と入れ替えます（同じ資料）。媛めだか（チャンネル名）は、水量6.5Lの鉢で2リットルほどを毎日か2日に一度じょうろで注ぎ、底の食べ残しをオーバーフロー管から押し出す手入れを見せています。

やりがちな失敗は、足し水を一度にたくさん入れることです。足す水は、残った水と水温とpHをそろえます（ニューメキシコ州立大学）。魚を移すときのストレスの主な原因も、元の水と新しい水の間の水温とpHの差です（FAO）。水量が少ない系では、注いだ分の差がそのまま全体に回ります。

根を水に浸し続けると腐るので、湿った状態にとどめます（Kirsten Dirksen の記録）。床の水位を上げてから一気に落とすベルサイフォンは、その入れ替えを仕掛けで起こします（Rob Bob's Aquaponics & Backyard Farm）。曝気はエアストーンか水の動きで足します（Saikumarらのレビュー）。

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向く魚は、小さくて丈夫な観賞用の魚です。コイや金魚、熱帯魚のような観賞魚もアクアポニックスで育てられると、レビューは挙げています（Saikumarら）。観賞用の小型魚の図鑑には、メダカ・アカヒレ・グッピー・ネオンテトラが並びます。高い水温を好む魚を入れるならヒーターを足します（DeverScience の記録）。種ごとの水温の範囲は、その図鑑で確かめます。飼えなくなっても、池や川に放しません（外来生物法・水産資源保護法）。

作物はハーブと葉物から入ります。バジル・ミント・パクチー・パセリはよく育ち、系の多様性も高めるとレビューは書いています（Saikumarら）。バジルは養分の要求が低い作物に分類され、つなげた系のハーブとして良いと報告されています（Palmら）。葉物も育ちが速く養分の要求が低いので、水量と場所が限られる系に向きます（同じレビュー）。えさの量の目安は、葉物で1日20〜50 g/m²です（FAO。同じ資料の表には40〜50 g/m²とあり、書き方が割れています）。魚のえさだけでは鉄・カルシウム・カリウムが足りないことがあり、足す必要が出ます（Saikumarら）。窓際に置ければ人工の照明なしでも育つと、Kirsten Dirksen は自分の系で話しています。窓が無ければ、フルスペクトルの照明とタイマーを使うと DeverScience は話しています。農薬は使えないので、アブラムシは手で落とします（Kirsten Dirksen）。

決める順は、目的・水量と置き場所・魚の重さ・作物・光・毎日の世話の6段です。水量の少ない系は、魚を少なく保ち、作物の側を主役に据えるほうが数字が動きません。